"La práctica médica no entraña solamente tejer, entretejer y tener activas las manos, sino que debe inspirarse en el alma, estar plena de conocimiento y tener como componente preciado la observación aguda y minuciosa; todo ello, junto con los conocimientos científicos exactos, son los requisitos para que la práctica médica sea eficiente."
Moisés ben Maimón (1135-1204)

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sábado, 21 de julio de 2012

Un nuevo programa analiza posibles alteraciones genómicas

El programa bioinformático Variant, creado por investigadores del Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), analiza la parte del genoma que codifica proteínas, el exoma, e identifica las variables y mutaciones conocidas, cruza la información y realiza un informe de estimación o predicción de las potenciales patologías asociadas.

La mayor parte de los datos que se conocen en la actualidad sobre enfermedades humanas de origen genético está incluido en el exoma. Como apunta Joaquín Dopazo, director científico del CIPF, “este programa tiene capacidad para analizar de forma muy rápida las variantes, asesorar al investigador sobre las que son conocidas, y establecer una predicción sobre aquellas variantes asociadas potencialmente a distintas enfermedades".

Las particularidades del programa, descritas en la revista Nucleic Acid Research (NAR), son la rapidez y actualización de los resultados y su buen funcionamiento. La gran potencia y velocidad del programa acorta los tiempos de procesamiento.

“La aplicación es capaz de procesar alrededor de 40.000 variantes, que es lo que se suele encontrar como promedio en un exoma humano, en menos de un minuto”, explica Dopazo. Combina las ventajas de los programas remotos (instalados en un ordenador remoto), y las de los programas locales.

Como expone Dopazo, “se trata de un programa que no necesita instalación ni ordenadores muy potentes, ya que físicamente reside en un ordenador potente situado en el CIPF; pero funciona como uno local, ya que la respuesta es muy rápida y eficiente”. Asimismo, el programa, al ser remoto, utiliza bases de datos que siempre están actualizadas de acuerdo con los nuevos descubrimientos y asociaciones.

Analizar mutaciones para conocer enfermedades

En el genoma humano se han identificado miles de regiones de ADN asociadas con enfermedades. Las herramientas de análisis de datos de nueva generación son imprescindibles para un estudio adecuado del genoma, ya que sin ellas no se pueden obtener conclusiones sobre los datos secuenciados. La mayoría de estas variantes identificadas se encuentran en bases de datos públicas.

De esta forma, Variant ha recopilado la información de todas las bases de datos de variantes y mutaciones y la ha puesto a disposición de la comunidad científica. “Facilita el estudio de las variaciones genéticas en relación con el riesgo de desarrollar cualquier enfermedad, con la predisposición e incluso con la resistencia a tratamientos”, apunta Dopazo.

Sin embargo, existen todavía lagunas y datos que han de ser completados antes de confirmar asociaciones de riesgo. Por ello, Variant pone a disposición del investigador una predicción de estas variantes desconocidas.

Tecnología sofisticada

El nuevo programa hace uso de la nube o cloud computing, que ofrece servicios de computación a través de la red, sin necesidad de que los usuarios sean expertos en los recursos que usan. “Esta forma de funcionamiento, unida a la velocidad de los resultados del análisis logrado por la secuenciación de nueva generación, es una apuesta por ser más rápidos en el análisis que en la producción de datos”, explica el investigador.

Hoy en día, el vertiginoso avance de las tecnologías de alto rendimiento, de la supercomputación y su aplicación a la genómica está provocando que la capacidad de producir datos sea mucho mayor que la capacidad tecnológica que existe para analizarlos y extraer conclusiones, por lo que se hacen necesarias herramientas eficaces en el análisis de los datos obtenidos.

Variant se une a otras potentes herramientas bioinformáticas diseñadas por el CIPF, capacitadas para analizar datos con distintas técnicas de alto rendimiento. Todas ellas son de uso abierto a través de su página web y se utilizan diariamente para analizar experimentos en centros de investigación de todo el mundo.

Referencia bibliográfica:

Medina I, De Maria A, Bleda M, Salavert F, Alonso R, Gonzalez CY, Dopazo J. "VARIANT: Command Line, Web service and Web interface for fast and accurate functional characterization of variants found by Next-Generation Sequencing". Nucleic Acids Res. 2012 Jul; 40(Web Server issue):W54-8. Epub 2012 Jun 11

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